/home/user ist ja jetzt eh, wie es soll, Du musst nur die Berechtigungen von /home selbst auf root setzen. Starte mal den Konqueror als root...
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kdesu konqueror
...und gehe in /home mit einem Rechtsklick auf "Eigenschaften". Im Reiter Berechtigungen" siehst Du schon mal, ob /home überhaupt dem richtigen user gehört (Benutzer und Gruppe müssen auf "root" stehen). Bei den "Erweiterten Rechten" kannst Du gezielt Berechtigungen setzen, für root das volle Programm (Kreuz bei r, w und x), der Rest sollte nur lesen und ausführen können (r und x). Denke daran, dass in diesem Falle nicht rekursiv vorgegangen werden sollte, da Du sonst /home/user wieder anpassen musst (kein Kreuz bei "Änderungen auf alle Unterordner anwenden", das entspräche sonst dem '-R' von 'chmod').
Die grafische Lösung poste ich hier nur Ausnahmsweise, damit Du einen etwas besseren Überblick erhältst. 'chmod' und 'chown' sind wichtige Standardwerkzeuge, die man auch dann verwenden können sollte, wenn z.B. die grafische Umgebung nicht starten will. Deswegen wurden hier auch von whois und mir lesenswerte links gepostet. Schau die Dir mal in Ruhe an, okay?