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Schau mal im Ordner ~/Desktop, ob dort die entsprechenden Einträge (.desktop-Dateien) noch vorhanden sind.
Falls ja, sind die Symbole auf dem Arbeitsfläche wohl verschoben. Das kannst du mit einem Rechtsklick auf die Arbeitsfläche und dann Symbole=>Symbole anordnen=>Eine Sortiermethode deiner Wahl beheben.
Falls nein, legst du Verknüpfungen zu folgenden Pfaden an:
trash:/, media:/ und remote:/