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Perl funktioniert nicht mehr

G

gma

Hallo,

ich habe an meinem System nichts verändert, aber keins meiner Perl-Skripte funkioniert mehr, zumindest jene nicht, die einen Aufruf auf Bioperl-Module machen:
use Bio::perl;

System: SUSE 10.1

Fehlermeldung:

Can't locate POSIX.pm in @INC (@INC contains: /usr/lib/perl5/5.8.8/i586-linux-thread-multi /usr/lib/perl5/5.8.8 /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.8/i586-linux-thread-multi /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.8 /usr/lib/perl5/site_perl /usr/lib/perl5/vendor_perl/5.8.8/i586-linux-thread-multi /usr/lib/perl5/vendor_perl/5.8.8 /usr/lib/perl5/vendor_perl .) at /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.8/Bio/Root/IO.pm line 106.
BEGIN failed--compilation aborted at /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.8/Bio/Root/IO.pm line 106.
Compilation failed in require at /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.8/Bio/Root/Root.pm line 169.
BEGIN failed--compilation aborted at /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.8/Bio/Root/Root.pm line 169.
Compilation failed in require at (eval 2) line 3.
...propagated at /usr/lib/perl5/5.8.8/base.pm line 85.
BEGIN failed--compilation aborted at /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.8/Bio/Location/WidestCoordPolicy.pm line 68.
Compilation failed in require at /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.8/Bio/Location/Atomic.pm line 67.
BEGIN failed--compilation aborted at /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.8/Bio/Location/Atomic.pm line 67.
Compilation failed in require at (eval 1) line 3.
...propagated at /usr/lib/perl5/5.8.8/base.pm line 85.
BEGIN failed--compilation aborted at /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.8/Bio/Location/Simple.pm line 72.
Compilation failed in require at /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.8/Bio/Factory/FTLocationFactory.pm line 85.
BEGIN failed--compilation aborted at /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.8/Bio/Factory/FTLocationFactory.pm line 85.
Compilation failed in require at /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.8/Bio/SeqIO.pm line 305.
BEGIN failed--compilation aborted at /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.8/Bio/SeqIO.pm line 305.
Compilation failed in require at /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.8/Bio/Perl.pm line 108.
BEGIN failed--compilation aborted at /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.8/Bio/Perl.pm line 108.
Compilation failed in require at individual_bio_db_fasta_no_x.pl line 3.
BEGIN failed--compilation aborted at individual_bio_db_fasta_no_x.pl line 3.

Wie gesagt, ich habe seit dem letzten Lauf der SKripte nichts verändert, einziger Verdacht bezieht sich auf die Art und Weise, wie meine Laufwerke gemountet werden, da musste ich neulich etwas verändern, da auf einer neu eingerichteten Partition Skripte generell nicht ausführbar waren. Kann es etwas mit den Partitionstabellen zu tun haben?

gma
 
A

abgdf

Can't locate POSIX.pm
Zum Vergrößern anklicken....
Such' mal danach.

Zeig' doch bitte auch mal
Code: 
perl -v
Vielleicht könnte es auch helfen, Bio::perl neu zu installieren.
Vielleicht wird da POSIX.pm neu mitinstalliert.
POSIX.pm ist aber eigentlich schon ein Standardmodul ...

Gruß
 
OP
G

gma

Code: 
whereis  POSIX.pm
POSIX: /usr/share/man/man3/POSIX.3pm.gz

Ist es das, wonach ich suchen muss?
Auf meiner anderen SUSE-Maschine (auf der alles wie gewohnt funktioniert, zeigt er das gleiche an!

Code: 
perl -v

This is perl, v5.8.8 built for i586-linux-thread-multi

Copyright 1987-2006, Larry Wall

Perl may be copied only under the terms of either the Artistic License or the
GNU General Public License, which may be found in the Perl 5 source kit.

Complete documentation for Perl, including FAQ lists, should be found on
this system using "man perl" or "perldoc perl".  If you have access to the
Internet, point your browser at http://www.perl.org/, the Perl Home Page.

"Normale" Perl-Skripte funktionieren ja auch noch!

gma
 
OP
G

gma

Code: 
marek@linux-6ut3:~> find /usr/lib/perl5 | grep POSIX.pm
find: /usr/lib/perl5/5.8.8/i586-linux-thread-multi/Sys: Eingabe-/Ausgabefehler
find: /usr/lib/perl5/5.8.8/i586-linux-thread-multi/auto: Eingabe-/Ausgabefehler
find: /usr/lib/perl5/5.8.8/i586-linux-thread-multi/PerlIO: Eingabe-/Ausgabefehler
find: /usr/lib/perl5/5.8.8/i586-linux-thread-multi/Time: Ist kein Verzeichnis
find: /usr/lib/perl5/5.8.8/i586-linux-thread-multi/XS: Eingabe-/Ausgabefehler
find: /usr/lib/perl5/5.8.8/i586-linux-thread-multi/Unicode: Eingabe-/Ausgabefehler
find: /usr/lib/perl5/5.8.8/i586-linux-thread-multi/MIME: Eingabe-/Ausgabefehler
/usr/lib/perl5/5.8.8/i586-linux-thread-multi/POSIX.pm

/usr/lib/perl5/5.8.8/i586-linux-thread-multi/POSIX.pm sollte es dann wohl sein, oder?

Und das ist doch der erste Eintrag in @INC, oder?

-> Fehlermeldung:

Code: 
Can't locate POSIX.pm in @INC (@INC contains: /usr/lib/perl5/5.8.8/i586-linux-thread-multi

gma
 
A

abgdf

Ja schon, aber diese "Eingabe-/Ausgabefehler" bei einem einfachen "find" sollte es nicht geben.
Wenn find nicht fehlerfrei auf diese Verzeichnisse/Dateien zugreifen kann, dürfte Perl es auch nicht können.
Da muß irgendwie der Fehler liegen ...

Gruß
 
OP
G

gma

Ok, das hört sich so an, als ob es sinnvoller wäre, mal Bioperl neu zu installieren, als Fehlerursachen zu suchen. Oder wäre es in Anbetracht der Situation, dass ich immer noch mit 10.1 arbeite, eher an der Zeit, mal ein neues System aufzuspielen?

gma
 
A

abgdf

Oder wäre es in Anbetracht der Situation, dass ich immer noch mit 10.1 arbeite, eher an der Zeit, mal ein neues System aufzuspielen?
Zum Vergrößern anklicken....
Vielleicht. "Eingabe-/Ausgabefehler" klingt aber schon sehr merkwürdig. Ich würde also auch erstmal die Festplatte auf Hardwarefehler überprüfen :???:.

Gruß
 
OP
G

gma

Hallo,

die Festplatte macht jetzt auf jeden Fall auch Ärger, das System leässt sich nicht mehr starten und ich werde aufgefordert, einen fsck durchzuführen. Dabei kommen u.a. folgende Meldungen:

Entry 'PerlIO' in usr/lib.... has deleted/unused inode 47524... . Clear<y>?

Es werden all jene Module angezeigt, mit denen Find vorher seine Probleme hatte (auch Posix.pm).
Nachdem ich durch die fsck-Prozedur durch bin, fehlen diese Files jetzt auch tatsächlich auf der Harddisk. Ich installiere besser nochmal neu.

gma
 
Geier0815

Geier0815

Vielleicht solltest Du erstmal ein Testtool vom Festplatten-Hersteller laufen lassen um sicher zu gehen das nicht die Hardware matschig ist? Die Ultimate-Boot-CD beinhaltet etliche davon.
 
OP
G

gma

Hallo,

leider funktioniert die UBCD bei mir nicht, bei Durchführung des Diskchecks kommt gleich eine Fehlermeldung: invalid opcode at XXXX XXXX......

Gibt es noch andere Tools, die von CD gebootet werden können (ohne das man selbst eine bootfähige CD zusammenstellen muss - wäre schön!)?

gma
 
Geier0815

Geier0815

gma schrieb:
Hallo,

leider funktioniert die UBCD bei mir nicht, bei Durchführung des Diskchecks kommt gleich eine Fehlermeldung: invalid opcode at XXXX XXXX......
[...]
Zum Vergrößern anklicken....

Schon auf die Idee gekommen das dort schon ein Fehler der Festplatte liegen könnte? Ansonsten kontrollier bitte noch mal ob Du das richtige Tool verwendest, bei einigen Herstellern gibt es unterschiedliche. Auch eine ältere Fassung der UBCD wäre noch einen Versuch wert.
 
OP
G

gma

Hallo,

habe jetzt doch die Diagnose-Tools von der UBCD starten könen, musste nur eine andere Bootoption wählen (386er). Habe jetzt das ES-Tool für Samsung drives komplett durchlaufen lassen: keine Fehler!

Lasse jetzt nochmals HUTIL drüberlaufen, falls das einen Unterschied macht.

Für mich sieht es so aus, als ob die Disk ok wäre.

Am besten, ich installiere jetzt SUSE 11. Gibt es da eine Anleitung, auf die ich zurückgreifen könnte? Installieren kann ich SUSE-Systeme im Dual-Modus (mit XP), muss ich die Partitionen, bzw. die Einträge im Grub meines 10.1 manuell löschen, oder kann ich einfach drüber installieren?

gma
 
L

lOtz1009

Moderator
Teammitglied
http://www.linupedia.org/opensuse/Anleitung_openSUSE_10_3
Steht zwar noch 10.3 dran, kann man aber durchaus für 11 bzw. 11.1 verwenden.

Wenn du bisher eine gescheite Partitionierung hast, dann kannst du im Prinzip einfach drüberinstallieren lassen und deine bestehenden Partitionen während der Installation auch wieder so festlegen. GRUB wird dann neu installiert (und die Einstellungen liegen in /boot/grub, was ja dann eh gelöscht wird).

Für weitere Fragen zur Installation, sofern sie nicht durch die Suche hier schon beantwortet werden können ( ;) ) bitte dann einen neuen Thread aufmachen (oder ggf. ab deinem letzten Beitrag abtrennen lassen), das gehört nicht in diesen hier.
 
A

abgdf

Hmm, trotzdem würde mich mal interessieren, was denn da passiert sein kann, wenn's kein Hardwarefehler war.
Nach einem Fehler an den Dateirechten klingt die Fehlermeldung auch nicht.

:???:

Gruß
 
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