Was für ein Programm ist es denn, dass du dafür root-Rechte benötigst?
Der Weg zu einer Verknüpfung auf dem Desktop ist jedenfalls folgender:
Rechtsklick auf Desktop => Neu erstellen => Verknüpfung zu Programm => Reiter "Allgemein": Name der Verknüpfung und Symbol bestimmen => Reiter "Programme", Zeile "Befehl" => hier gibst du das Startkommando ein (das, was du in der Konsole oder bei Alt+F2 eintippst) => OK
=> Fertig, da isses!