Klick mit der rechten Maustaste im Konqueror auf irgendein PDF, wähle den Menüeintrag aus, der am ehesten dem Vorgang "Öffnen mit..." entspricht und ersetz dort im Feld "Befehl" den Eintrag "acroread" durch "acroread -openInNewWindow".
Alternativ könnte man auch keinen kleinen Wrapper oder einen Shell-Alias einrichten, falls das nicht geht. Probier es erst mal so, und wenn es nicht geht, kann ich mir anschauen, wie man es mit einem Wrapper oder Shell-Alias lösen kann.