Von welchen Ordner muss ich edin Backup erstellen wenn ich will, dass wenn ich das Backup starte, alles wieder genauso ist wie jetzt gerade [...]
Von / und den versteckten Ordnern in Deinem /home (da liegen die Konfigurationsdateien Deines users). Du musst also als root backuppen, wenn wirklich alles wesentliche gesichert werden soll.