Wie meinst du das jetzt genau mit "parallel"? Zwei Installationen auf eine Platte oder je ein Betriebssystem auf einer Festplatte?
Also der FC3-Setup sollte normalerweise direkt beim Lesen der DVD gestartet werden. Vielleicht musst du ggf. die Reihenfolge der Geräte im Bios umstellen, sodass das CD-/DVD-ROM-Laufwerk vor den Festplatten benutzt wird.
Ansonsten muss bei der Installation darauf geachtet werden, dass der Bootloader in den Masterbootsektor der Festplatte geschrieben wird, welche zuerst gebootet wird.