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Kann man eigentlich mit irgendeinem Befehl von der shell aus ein Fenster dazu bringen sich zu minimieren oder zu schließen (nicht den Prozess terminieren, denn es soll ja zurück in den tray!).
Einfach mal dcop in der Konsole eintippen. Das zeigt dir die laufenden Programme an die Du über dcop beinflussen kannst. Dann mit "dcop programm" einfach durchhangeln.
Bei knode kann man z.B. so das Fenster minimieren: