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Sorry, ich kenn FlashFXP nicht und ich verstehe deine Frage auch nicht ganz.
Du willst Daten von einem FTP-Server auf einen anderen übertragen ohne die Daten zuerst lokal downloaden und dann wieder auf einen anderen FTP-Server uploaden ?
Ob es hierzu einen grafischen Client gibt keine Ahnung, im Consolenclient macht man das mit dem FTP-Befehl "proxy".
Wenn es nur darum geht, z.B. deine Webseite von lokal auf den Webserver zu bringen ist vieleicht "sitecopy" ein grafisches Tool für dich.
Also die Methode die er beschreibt, nennt man FXP. Dies muss ein FTP Server erlauben damit das funktioniert. Ich glaube nicht, dass FXP einfach mit dem Browser funktioniert, aber zu seiner Beruhigung: Sehr wenige Server erlauben überhaupt FXP, jedenfalls sehr wenige "Gratis Server", falls du so einen besitzt. Solltest du einen 1&1 Server oder so besitzen, dann müsste das gehen, aber weiß kein Programm für Linux mit dem es funktioniert.
hab auch viel unter windows mit ftp zutun und hab daher auch unter linux nen flashfxp ähnlichen client gesucht und gefunden. Nennt sich "Kftpgrabber" ähnelt in funktion usw flashfxp, unterstützt auch das fxp protokoll und die wichtigen verschlüsselungen. Google einfach mal nach dem namen, hab das ding mit kompilern des quellcodes und noch ein paar paketen apt-geten innerhalb von 10 mins installiert gekriegt