Die gezeigte EFI-Systempartition ist eine große Ansammlung von Borstentieren, und da habe ich meine Zweifel, daß das eine Automatik angerichtet hat. /boot/efi/EFI/EFI mit dem gesamten Inhalt ist Unsinn.
Außerdem sehe ich nichts von Windows, was bedeutet, daß Du mehrere EFI-Systempartitionen hast. Nachdem keine Automatik auf so etwas ausgerichtet ist, wirst Du immer wieder Schwierigkeiten bekommen (und ich verstehe jetzt, warum Windows alles, was nicht auf "seiner" EFI-Systempartition zu finden ist, im UEFI-Boot-Menü entfernt). Hänge die "richtige" EFI-Systempartition (also die von Windows) unter /boot/efi ein, installiere den Bootloader neu, und entferne danach alle anderen EFI-Systempartitionen.
Außerdem sehe ich nichts von Windows, was bedeutet, daß Du mehrere EFI-Systempartitionen hast. Nachdem keine Automatik auf so etwas ausgerichtet ist, wirst Du immer wieder Schwierigkeiten bekommen (und ich verstehe jetzt, warum Windows alles, was nicht auf "seiner" EFI-Systempartition zu finden ist, im UEFI-Boot-Menü entfernt). Hänge die "richtige" EFI-Systempartition (also die von Windows) unter /boot/efi ein, installiere den Bootloader neu, und entferne danach alle anderen EFI-Systempartitionen.