Und was hat Windows mit Linux zu tun?
Leer mal den Mülleimer und schau mal ob anschließend noch etwas in:
/home/user/.local/share/Trash/files liegt.
Bei mir war das Problem verschwunden als ich den Inhalt dieses Ordners (offensichtlich der Mülleimer) manuel gelöscht hatte, da er automatisch einige Verzeichnisse vergessen hat.