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bei configure handelt es sich um ein Script dass die Voraussetzungen für die Installation eines Programmes testet und bestimmte Einstellungen für die Kompilation auf diesem Rechner zusammensucht und meist die Makefile erstellt oder fertigstellt.
bei make config handelt es sich um eine Funktion die in der Makefile als Bestandteil des Kompilationsvorganges abläuft. Hier werden Konfigurationen direkt am Quelltext gemacht, also zB aus einer Konfigurationsdatei der Kompilierungsprozess konfiguriert , bzw es wird auch oft das Gegenteil damit gemacht, es werden Dateien erstellt, in der die Konfiguration von diesem Programm enthalten ist und die dann auch installiert werden, weil andere Programme auf genau diese Konfiguration zugreifen müssen.
zB /boot/config....... ist so eine Datei, und zwar enthält sie die gesammte Konfiguration des Kernels. und aus ihr kann mit mittels make config der Quelltext auch wieder genau so konfiguriert werden wie er beim kompilieren des kernels war.
siehe auch mal http://www.linux-club.de/viewtopic.php?p=143322
hier hatte ich mal das wichtigste zu make und configure zusammengeschrieben.
na das kann man aber noch einfacher darstellen denn configure gehört zu den auto-Paketen (also autoconf/automake/etc) durch das script wird erst passend für Deine Installation das richtige Makefile mit den entsprechenden Library-Pfaden erzeugt, d.h. wenn ein Paket die Autotools nutzt, gibts ohne configure kein make config