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Unter Linux verwendet man in aller Regel GPG. Das ist Open Source und mit PGP kompatibel. Noch dazu ist es kostenlos.
S/MIME ist eine weitere Möglichkeit E-Mails zu verschlüsseln. Der Hauptunterschied zwischen PGP/GPG und S/MIME, ist die Methode wie sichergestellt wird dass ein bestimmter Schlüssel auch wirklich von der Person stammt, welche dies behauptet.
Bei GPG verlässt man sich auf das "Web of Trust". Viele verschiedene Leute bestätigen das dein Schlüssel wirklich deiner ist. Das funktioniert in sofern gut, als dass man keine besondere Infrastruktur dafür braucht.
S/MIME stellt Zertifkate aus die von einer Zertifizierungstelle unterzeichnet sind. Man hat also ein hierarchisches System. Was für den Endbenutzer einfacher zu durchschauen ist (denn man muss nicht mehr darauf warten das andere (die man selbst nicht kennt) bestätigen das der Schlüssel echt ist). Allerdings braucht man dafür wiederum Zertifizierungsstellen die betrieben werden müssen und somit Geld kosten können.