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ich behaupte, die Ausgabe von ls "."* und ls \.* ist identisch.
Ich unterstelle, du gibst den Befehl im Home-Verzeichnis ein. Dann wird dir neben den Dateien, die mit . Anfangen auch der Inhalt der Ordner angezeigt, die mit . anfangen - also auch das aktuelle Verzeichnis und das übergeordnete Verzeichnis. Das wird schon etwas unübersichtlich.
Du musst den ls mit einer weiteren Optionen versehen: -d verhindert, dass der Inhalt der Verzeichnisse ausgegeben wird.