Windows hält sich bekanntlich nicht an Spezifikationen, Deine damaligen MBR-Probleme mögen daher für die Installation von Windows zutreffen, aber sicher nicht für Linux. Du hast eine GPT, da spielt der MBR nicht mit, dort wurde nur einmalig beim Anlegen der GPT ein Dummy-Eintrag in der msdos-Partitionentabelle erzeugt, der Uralt-Programmen vorgaukelt, daß die gesamte Platte mit einer einzigen Partition belegt ist. Damit die GRUB2-EFI-Automatismen den Bootloader einrichten oder reparieren können, muß Linux im UEFI-Modus gestartet worden sein, beim Start im BIOS-Modus (also über den Boot-Code im MBR) können die das nicht. Linux kann immer entweder im UEFI-Modus oder im BIOS-Modus gestartet werden, es ist immer dasselbe Linux mit dem einzigen Unterschied, daß im ersten Fall die EFI-Unterstützung im Kernel aktiviert ist und und im zweiten nicht.