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Ich habe ksensors installiert bzw. auch über die KDE-Systemüberwachung überprüft, dass die Kerne hochtakten.
Avidemux ist sogar schneller als unter W7. Allerdings ruckelt die Maus, wenn er ein MPEG "indiziert".
Die einzige Idee, die ich noch hätte: Schau Dir mal die Größe der .xsession-errors in Deinem Homeverzeichnis an. Ist die realtiv groß? Wird da evtl. ständig reingeschrieben?
Ich habe auch irgendwie immer mehr das Gefühl, dass das die Festplatte ist. Früher war das zwar schon schlimm, aber noch nicht so extrem wie jetzt. Ich erinnere mich noch an Zeiten, da hatte ich das Problem erst nach über 24h Betrieb und nicht so wie jetzt quasi sofort.