SuSEconfig setzt Rechte von Dateien anhand von /etc/permissions*
SuSEconfig mach das was in /etc/sysconfig/* steht, wenn dort deine Einträge von postfix, fetchmail, etc standen werden die immer wieder eingesetzt. Wir haben aber nicht via Yast konfiguriert, sondern nach guter alter Linux-Methode direkt an den configs.
die main.cf-2004* ist die letzt funktionierende Konfig, die zurücksichern.
die rpmnew Dateien entstehen bei Neu-Installation eines rpm. Du solltest nach jedem update mal rcrpmconfigcheck aufrufen, das zeigt dir welche configs geändert wurden.
bei apt kannst du abstellen, das SuSEconfig aufgerufen wird, dann steuerst du das selber: /etc/apt/apt.conf.d/post.conf ist die Datei (Scripts::Options::RunPostScript false
ich tippe mal, das irgendwelche Rechte von SuSEconfig verbogen wurden.
Wenn du die Dateien ermittelt hast kannst du in /etc/permissions.local dafür sorgen, das diese Dateien DEINE Rechte erhalten (z.Bsp. cdrecord, cdrdao werden immer ohne SUID gesetzt,...)
Prüfe das nochmal.
mit sdiff -s alt neu kannst du die betroffenen configs ja mal checken.
das apt-update hat dir nicht neue db* Pakete installiert ?